produkty

Nedávno jsme uvedli, že pyrenový nukleotid je přednostně vložen naproti abazickému místu, 3'-T dimeru thyminu a většině nepoškozených bází kvasinkovou DNA polymerázou eta (pol eta).Protože pyren je nepolární molekula bez schopnosti vázat H, neobvykle vysoká účinnost inzerce dPMP je připisována jeho vynikající schopnosti vrstvení bází a podtrhuje důležitost vrstvení bází při výběru nukleotidů pol eta.Abychom prozkoumali roli H-vazby a geometrie párů bází při výběru nukleotidů pol eta, určili jsme účinnosti inzerce bází modifikovaných nukleotidů 2,6-diaminopurinu, 2-aminopurinu, 6-chlorpurinu a inosinu, které by vytvořte různý počet H-vazeb se základnou šablony v závislosti na geometrii páru bází.Zdá se, že Watson-Crickovo párování bází hraje důležitou roli při výběru nukleotidových analogů pro inzerci naproti C a T, jak dokazuje snížení relativní účinnosti inzerce se snížením počtu Watson-Crickových H-vazeb a zvýšením počet interakcí donor-dárce a akceptor-akceptor.Selektivita nukleotidové inzerce je větší oproti 5'-T než 3'-T thyminového dimeru, v souladu s předchozí prací naznačující, že 5'-T je držen pevněji než 3'-T.Kromě toho se zdá, že inzerce A naproti oběma Ts dimeru je zprostředkována Watson-Crickovým párováním bází a nikoli Hoogsteenovým párováním bází na základě téměř identických účinností inzerce A a 7-deaza-A, z nichž druhý postrádá H- schopnost lepení na N7.Relativní účinnost pro inzerci nukleotidů, které mohou tvořit Watson-Crickovy páry bází, je paralelní s účinností pro Klenowův fragment, zatímco Klenowův fragment silněji rozlišuje proti neshodám, v souladu s jeho větší tvarovou selektivitou.Tyto výsledky podtrhují důležitost H-vazby a Watson-Crickovy geometrie párů bází při selekci nukleotidů jak pol eta, tak fragmentem Klen ow, a menší roli tvarové selekce při vkládání pol eta kvůli jeho otevřenější a menší omezené aktivní místo.