produkty

Patogenní molekulární dráhy u cirhotických onemocnění jater, jako je virus hepatitidy C (HCV), autoimunitní hepatitida (AIH) a primární biliární cirhóza (PBC), jsou špatně charakterizovány.Diferenciálně exprimované geny jsou často důležité v patogenezi onemocnění.Supresivní subtraktivní hybridizace (SSH) je celogenomový přístup, který obohacuje o různě exprimované mRNA transkripty.Zaměřili jsme se na nová pozorování diferenciální genové exprese u cirhózy pomocí SSH v kombinaci s kvantitativní reverzní transkriptázovou polymerázovou řetězovou reakcí (RT-PCR) v reálném čase.Jaterní transkriptomy u HCV cirhózy, AIH cirhózy, PBC a neonemocněné jaterní tkáně byly vyšetřeny pomocí SSH.Výsledné klony komplementární DNA (cDNA) byly znovu testovány na rozdílnou expresi dot-blot hybridizací a poté sekvenovány.Vybraná genová exprese byla kvantifikována pomocí RT-PCR v reálném čase.Po SSH bylo 694 klonů znovu testováno na rozdílnou genovou expresi, z nichž 145 bylo sekvenováno a bylo zjištěno, že pocházejí z 89 různých genů.Sedm klonů bylo homologních pouze se sekvencemi exprimovaných sekvenčních značek (EST) kódujících geny, které nemají žádnou známou funkci.Up-regulovaná exprese čtyř genů byla potvrzena RT-PCR v reálném čase: transmembránový 4 člen superrodiny 3 (tetraspanin CO-029) u všech forem cirhózy, hedgehog interacting protein (HIP) u AIH cirhózy a chitinase 3-like-1 (HC gp-39 nebo ykl-40) a repetice kyseliny arginin-glutamové (RERE) u cirhózy HCV.Ve všech zkoumaných tkáních byly pozorovány polymorfismy genu RERE a sestřihové varianty.Up-regulace tetraspaninu CO-029 byla primárně lokalizována v buňkách žlučovodů.Na závěr byla provedena nová pozorování diferenciální genové exprese u lidské cirhózy s použitím SSH jako primárního nástroje pro objevování.Zejména jsou opodstatněné další studie genu RERE a jeho produktů u onemocnění jater spojených s HCV.