produkty

Membránová topologie domény kolicinového E1 kanálu byla studována pomocí fluorescenčního rezonančního přenosu energie (FRET).FRET zahrnoval geneticky kódovanou fluorescenční aminokyselinu (kumarin) jako donor a selektivně značený cysteinový zbytek spojený s DABMI (4-(dimethylamino)fenylazofenyl-4'-maleimidem) jako akceptorem FRET.Fluorescenční kumarinový zbytek byl začleněn do proteinu prostřednictvím ortogonálního páru tRNA/aminoacyl-tRNA syntetáza, který umožňoval selektivní začlenění do libovolného místa v doméně kolicinového kanálu.Každá varianta obsahovala stop (TAG) mutaci pro inkorporaci kumarinu a cysteinovou (TGT) mutaci pro připojení DABMI.Šest interhelikálních vzdáleností v rámci helixů 1-6 bylo určeno pomocí FRET analýzy pro rozpustný i membránově vázaný stav.Data FRET ukázala velké změny v interhelikálních vzdálenostech mezi šroubovicemi 3-6 po asociaci membrány, což poskytlo nový pohled na membránově vázanou strukturu domény kanálu.Obecně se interhelikální účinnost kumarinu-DABMI FRET snížila po vazbě na membránu, a to na základě modelu deštníku pro kolicinový kanál.Předběžný model pro uzavřený stav domény kanálu byl vyvinut na základě aktuálních a dříve publikovaných dat FRET.Model navrhuje kruhové uspořádání šroubovic 1-7 ve směru hodinových ručiček z extracelulární strany a membránovou mezifázovou asociaci šroubovic 1, 6, 7 a 10 kolem centrální transmembránové vlásenky tvořené šroubovicemi 8 a 9.